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下载不和谐的windows 10错误

从sra下载的fasta文件中的空seq

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据） 5553 2019-06-22 对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。

利用SRA号从NCBI下载测序原始数据- 简书

太长不看版 为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容 下载sra toolkit加环境变量 下载EDirect 用yeast的几个数据说明. 1. 直接用run id prefetch SRR1553610 2. 写入文件下载 echo SRR1553608 > sra.ids echo SRR1553605 >> sra.ids prefetch --option-file sra.ids 3 利用sed和bash SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。 除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示，氨基酸用X表示. 8、 氨基酸序列中“*”表示终止.

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sed 命令是什么 GTRD:从ChIP-seq实验中识别的TFBS数据库 摘要GTRD——基因转录调控数据库，是由人类和小鼠的ChIP-seq实验识别的转录因子结合位点（TFBS）的数据库。原始ChIP-seq的数据从ENCODE和SRA获得并进行统一处理：（i）使用Bowtie2比对;（ii）使用峰值探测软件MACS，SISSR，GEM和PICS得到ChIP-seq峰值;（iii）相同的因子和软件 pdb文件里面的信息是有严格的格式的。各行数据,如标识,原子名,原子序号,残基名称,残基序号等,不仅要按照严格的顺序书写,而且各项所占的空符串长度,及其所处的各行的位置都是严格规定。更多信息请查看pdb文件中信息的格式。 写在前面的话： 本人是一枚生物 KC-UID:“kcUID”软件套件用于处理SeqHealth中的UID库RNA-seq读取-源码,自述文件介绍kcUID软件套件用于处理kcUID中的UID库RNA-seq读取。kcUID套件已使用C++进行了编译，并且可以在目录中执行。如有任何疑问，请与SeqHealth签约。要看该套件包括kcUID，IdentifyUIDs，ClusterUID，CallConsensus，CorrectUID，Line2Fast，FastCount和 把RNA-seq(2)-2下载的sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量，理解各指标的意义。 1 数据解压：用samtools中的fastq-dump将sra格式转为fastq格式 SRA批量下载及转为Fastq格式. NCBI中会将测序等数据压缩成sra格式。本文介绍如何批量下载sra文件及转化为Fastq格式。 下载SRA文件sratoolkit. 从NCBI官网下载sratoolkit选择合适的版本进行下载。 下载后解压，然后我们就可以用bin文件夹中的prefetch进行下载： 使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件，节省空间。 具体步骤 【1】SRA文件转换成fastq文件-----单个文件转换 上次分享我们通过两种方式下载得到了SRA数据，今天就开始对SRA进行处理（以SRR5489805为例）。 SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，这种数据格式不能直接进行处理，需要转换成fastq或fasta文件格式才能进行质控以及去adapt等处理。 SRA转 使用aria2从ENA直接下载fastq文件. 在有关数据库和SRA编号的铺垫之后，我们来看看怎样来下载获得我们所需要的数据，因为大部分的数据分析流程都要从测序数据的质控开始，而常用的质控软件所需要的输入文件格式一般都是fastq， 所以我们的目标便是从一个已有的SRA号来获得fastq数据。 对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章 首先去ncbi里面搜索并找到你想要的数据的sra地址，然后写脚本批量下载。 如果文献里面的sra号，那么可以直接打开ncbi里面的搜索界面下载.

repeat Nature论文：如何从SRA数据库下载数据- 知乎

直接用run id prefetch SRR1553610 2. 写入文件下载 echo SRR1553608 > sra.ids echo SRR1553605 >> sra.ids prefetch --option-file sra.ids 3 利用sed和bash SRA（Sequence ReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。 除了原始序列数据外，SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。 7、序列中不允许有数字、不明确的核苷酸用N表示，氨基酸用X表示.

.seq是什么后缀名,生物信息常用文件格式- 润池（广州）流体技术有限

从sra下载的fasta文件中的空seq

makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname. 具体参数看help里面的，但是我们一般用这几个就够了的. 我的例子 ：对200M 而samtools 的bedcov计算的则不同，是bed文件每个区域的深度和。即samtools depth的和。 而计算覆盖到整个参考fasta可以用samtools flagstat或者更详细的samtools idxstats。虽然featureCounts等也会给出，不过是输出在标准输出里的，不在输出文件里。 TPM等转化 文件用于计算fasta文件中基因序列的N50、基因条数、最短最长的序列条数。将脚本文件拷贝至fasta文件目录下，使用方法：python cal_N50.py 跳出“Enter your fasta/fa name: ”后，输入你当前目录下的fasta文件名后回车即可 默认输出在上一层目录的02.fastq这个文件夹里。-o：重定向输出结果的位置。将结果输出到上一级目录下的02.fastq文件夹内。 可选用的参数：--gzip, --bzip2: 以压缩文件的方式输出结果。有利于减少文件的占用空间。 自述文件 介绍 kcUID软件套件用于处理kcUID中的UID库RNA-seq读取。 kcUID套件已使用C ++进行了编译，并且可以在目录中执行。 如有任何疑问，请与SeqHealth签约。 要看 该套件包括kcUID ， IdentifyUIDs ， ClusterUID ， CallConsensus ， CorrectUID ， Line2Fast ， FastCount和UIDSummary 。 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生. 原始 数据，而不是这种神奇的sra格式，尽管有一些下载的数据其实就是从SRA解压而来 。 fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@\$ac-\$si/\$ri' 默认双端测序数据拆分后得到两个文件中同一个reads的名字是一样的,但是加上 -I&n 2020年3月2日 下载的数据没有通过完整性测试，没办法进行下一步分析。后面重新下载了原始 数据，见下面： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/ ERR/ mafft-ginsi # seqtk转换fastq到fasta seqtk seq ERR2241540.fastq -a 编译会下载一个不存在的boost_1_58_0-headersonly.t 2021年2月23日 NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析 （Nature重磅综述|关于RNA- seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析 1.1.5 初识Linux 系统- 黑夜中的闪烁是你的落脚点 1.1.6 我 2.3.2 下载二进制文件 4.16 SRA toolkit使用 5.9 取出单行FASTA文件中序列长度大于40的序列的名字. 原版FASTA/Pearson格式定義出現在FASTA程式包的文件中。可隨FASTA的任一 免費版本下載（見fasta20.doc、fastaVN.doc或fastaVN.me，其中VN代表版本號） 。 LCBO - Prolactin precursor - Bovine ; a sample sequence in FASTA format  2018年3月10日 下载参考基因组序列信息及注释文件GTF 参考基因.

从sra下载的fasta文件中的空seq

序列以大于号开头，该文件只包含一条序列: 只需要fasta文件的数据即可，query和target都可以是该fasta文件，可以随便找两个fa文件做测试. 三：运行命令. 1，建库，用makeblastdb，标准是. makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname. 具体参数看help里面的，但是我们一般用这几个就够了的. 我的例子 ：对200M [mRNA-seq] RNA-seq转录组入门（1）-mac软件安装-vvjoe [复制链接] vvjoe 介绍：sratoolkit的主要用途还是把NCBI SRA（Sequence Read Archive）数据库中的NGS序列数据从 sra 下载测试文件… 我想使用以下脚本从大的fasta文件中提取特定的fasta序列，但输出为空。 transcripts.txt文件包含我想从assembly.fasta到selected_transcripts.fasta导出的列表转录本ID（ID和序列）。 例如： transcripts.txt： Transcript_00004|5601 Transcript_00005|5352 assembly.fa 之后对生成的tem.fasta进行过滤，使用命令：orthomclFilterFasta seq/ 10 20。允许的最短的protein长度是10，stop codons最大比例为20%；生成了两个文件goodProteins.fasta和poorProteins.fasta两个文件。 2.5 全序列比对 本文中已经包含参考序列所以可以直接将上一部的goodProteins.fasta 默认输出在上一层目录的02.fastq这个文件夹里。-o：重定向输出结果的位置。将结果输出到上一级目录下的02.fastq文件夹内。 可选用的参数：--gzip, --bzip2: 以压缩文件的方式输出结果。有利于减少文件的占用 … python处理fastq文件_fastq格式文件处理大全（五） 196 2020-12-20 从计算机的角度来说，生物的序列属于一种字符串，也是一种文本，因此生物信息分析属于文本处理范畴。 文本存储为固定格式文件，生物信息的工作就是各种文本文件之间格式的转换，例如通过序列拼接将fastq转换为fasta，通过短序列比对 这个例子来自于 Mathworks 提供的生物信息教程的第一篇章 1_蛋白质结合位点识别.pdf ，主题是通过 RNA-Seq 数据来探索蛋白质与 DNA 结合位点，面向读者为初级用户。 此博文将需要下载的数据收集起来 并上传至云平台，便于读者使用，省下手动下载的时间；同时将英文教案开始部分进行翻译成中文 请问iso-seq3分析的第二步（见上图），引物的去除和barcode的去除，需要一个barcoded_primers.fasta文件 ，您好，转录组分析时，比对完reads，进行sam文件转换为ba文件，不报错，只出现killed,如图中 老师，从GEO数据库下载的数据是标准化后的RNA-seq 如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列 如果你有一定的Python编程基础，可以查看这篇文章来批量下载大量基因序列：生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与 … 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别，都是peak-calling，也就是从比对得到BAM文件中找出reads覆盖区，也就是那个峰。(尴尬的是，这句话对于老司机而言是废话，对于新手而言则是他们连ChIP-Seq都不知道)那么问题集中在如何找到peak，peak的定义是啥? RNA-seq的测序数据要向NCBI提交，这里简单总结一下。原始的测序数据 (reads) 数据要提交到SRA.RNA-seq的拼接结果应该提交到TSA库，TSA全称Transcriptome Shotgun Assembly Sequence Database，TSA is an archive of computationally assembled sequences from primary data such as ESTs, traces and Next Generation Sequencing Technologies.

从sra下载的fasta文件中的空seq

chromFa.tar.gz是组装后的序列,每条染色体一个文件(我们要下载的文件),用axel下载数据 #例如我们要下载hg38,其中-n 20表示线程数 axel … 下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据） 5553 2019-06-22 对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。 DCC 档案验证器将检查MAF文件的完整性。如果MAF文件中的任何一项出现错误，验证将失败： 1. 列标题文本（包括大小写）和顺序必须与表1完全一致 2. 表1中列出的列标题下的值不是空值时必须具有相应的值 3. 表1中指定为“Case Sensitive”的值必须区分大小写。 4. 做生信的基本上都跟NCBI-SRA打过交道,尤其是fastq-dump大家肯定不陌生.NCBI的fastq-dump软件一直被大家归为目前网上文档做的最差的软件之一",而我用默认参数到现在基本也没有出现过什么问题,感觉好像也没有啥问题, 直到今天看到如下内容, 并且用谷歌搜索的时候,才觉得大家对fastq-dump的评价非常很到位. 这篇文章的原始数据有点问题，使用sra和ena数据库直接下载都基本上会失败，sra只能下到一个10M左右的数据，转换格式成fastq后只能获得4.6M的数据。最后使用aspera connect下载可以成功。 2017-05-31 如何从fasta文件中将所有序列提取出啦; 2017-04-27 如何从大fasta文件中找出自己想要的序列; 2010-04-23 怎样用perl把fasta文件中的多条序列分别处理？ 2014-06-10 生物信息学进，怎么把核酸和蛋白的fasta格式序列按照基因顺 2013-01-26 求程序_生物信息_PERL 4.2.2 根据FASTA文件创建SeqRecord对象¶. 本节以鼠疫耶尔森菌株（Yersinia pestis biovar Microtus str.

RNA-seq2-1:原始数据下载的几种方法- 简书

靶序列可以是任意基因组区域，例如RNA-seq中的转录本。因此 当从SRA下载完后,需要首先确定它是single-end还是paired-end，因为抽取FASTQ的方式不同. Sequence Read Archive (SRA)是NCBI旗下的数据库之一，其作用是存储 需要下载文件时，打开cmd命令行，通过cd命令将路径定位至软件的解压缩目录下 ~ \sratoolkit\bin fastq-dump --fasta DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq. 摘要：用途说明在执行Linux命令时，我们可以把输出重定向到文件中，比如ls >a.txt，这时我们就 Linux文件排序和FASTA文件操作. 摘要：文件排序seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用。 摘要：# 下载最新版QIIME 2 docker pull qiime2/core:2017.7 # 测试是否安装成功docker run -t -i -v GEO/SRA数据库 · 5. 原版FASTA/Pearson格式定義出現在FASTA程式包的文件中。可隨FASTA的任一免費版本下載（見fasta20.doc、fastaVN.doc或fastaVN.me，其中VN代表版本號）。 LCBO - Prolactin precursor - Bovine ; a sample sequence in FASTA format  这里简单介绍下，fasta格式的文件通常后缀名为.fasta 或者.fa， 其实这都 机构开发的，但是现在已经演变成一个高通量测序的标准了。fastq格式文件中一个完整的 是SRRxxxxx，所以从SRA数据库上下载公共的测试数据（原始格式为.sra， 需  下载参考基因组序列信息及注释文件GTF 参考基因.

从sra下载的fasta文件中的空seq

序列以大于号开头，该文件只包含一条序列: 只需要fasta文件的数据即可，query和target都可以是该fasta文件，可以随便找两个fa文件做测试. 三：运行命令. 1，建库，用makeblastdb，标准是. makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname. 具体参数看help里面的，但是我们一般用这几个就够了的.

导出序列时点击Send to. 在弹出的窗口选择文件单选按钮. 在下拉框中选择你需要的文件格式. 点击创建文件即可开始下载，下载后的文件可以通过任意文本编辑 得到样本的.sra数据后,我们仍需要转换为.fa数据:--split-3: 拆分文件,如果得到的.sra文件是单末端,那么这个参数就会被忽略;如果原文件中有两个文件,那么它就会把成对的文件按*_1.fastq,*_2.fastq这样分开。 fastq-dump [-O ] –split-3 首先使用conda来创建LncRNA-seq的实战软件环境 conda create -n lncRNA conda activate lncRNA conda install -y -c bioconda hisat2 stringtie samtools fastp gffcompare # conda search gffcompare 然后下载猪的参考基因组fasta序列，并且构建hisat2的索引文件 写在最前面的话：这TM知乎有bug，劳资辛辛苦苦写了一上午的东西直接就没了！有没有人管！！ Why This？为什么第2篇要写fastq和fasta这两种储存sequence的格式呢？主要是因为这两种数据储存格式是我们后续分析主要… 如何计算每个基因的覆盖度与深度，有多种方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 数据下载 1.1 Fastq文件下载 从NCBI下载Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq数据SRR7751429信息如上图所示。 1.1.1 使用wget命令（sra-toolkit工具下载太慢）下载 0.perl命令行粗暴多文件并行处理（每个线程处理一个文件） 1.从fasta文件中提取特定的某个序列(记录) 2.从fasta文件中批量提取序列(记录) 3.Fastq格式转换为fasta格式 4.常规fasta文件去格式为一行id一行seq 5.快速批量提取读段文件的指定序列 (也可用于去格式的fasta文件) 查找有两种，一种是de novo的，要求的输入文件的fasta序列，一般是根据peak的区域的坐标提取好序列 。另一种是依赖于数据库的搜寻匹配，很多课题组会将现有的ChIP-seq数据进行整合，提供更全面，更准确的motif数据库。 一、问题呈现 找到Streptomyces属里hrdb基因的启动子（hrdbp）的保守序列，希望以此推断出-10区和-35区。 二、过程 1、下载15-20条hrdb基因的启动子序列，并处理形成一个fasta文件 1.1、以coelicolor A3(2)的hrdb基因为源头，通过blast找到得分最高的前50条序列。 Phd2fasta 是 phred\phrap 软件包的一部分，phred\phrap 软件包由华盛顿大学分子生物技 术学院的 Phil Green 和 Brent Ewing 开发，主要用于学术科研活动。 Phd2fasta 将 phred 产生 的 phd 文件转换为 fasta 格式的核酸和质量文件，便于 crossmatch 和 phrap 程序应用。 分析ATAC-Seq从本质上来看和分析ChIP-Seq没啥区别，都是peak-calling，也就是从比对得到BAM文件中找出reads覆盖区，也就是那个峰。 (尴尬的是，这句话对于老司机而言是废话，对于新手而言则是他们连ChIP-Seq都不知道)那么问题集中在如何找到peak，peak的定义是啥? 从Hiseq 2500开始，Illumina提供了将粗粒度质量输出到质量表的选项。分积分数直接从经验质量分数表中计算得出，该分数表与测序实验中所使用的硬件、软件和化学物质有关。 文件拓展名. FASTQ文件并没有标准的文件拓展名，但通常都是.fq或.fastq。 格式转换器 下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据） 5553 2019-06-22 对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不 # cd到info.csv的路径下 mkdir sra cd sra ./prefetch_download_from_efetch.py # 然后等待下载结束就好了，这个脚本会把info.csv中所有的文件都下载好并且重命名为原文件名 # 如果要下载的文件很多，体积很大，建议使用screen命令或者nohup命令放在后台跑 • 音乐里的力学和数学; • 为啥老外的动手能力特别强？ • 由招收研究生遇到的诚信问题引发的思考; • 重磅！北大李毓龙实验室开发新型荧光探针，实现在体5-羟色胺动态变化的精确检测; • 机器学习漫谈：人工智能的第一项工作 迅雷下载的方法我们之前介绍过，此方法可参考 更快更稳地下载NCBI里的测序数据 ，这里我就不赘述了。 方法三： wget下载.